L'assainissement autonome fonctionne sur un principe immuable. Les eaux usées (eaux grises ménagères et eaux vannes des w-c) produites sont d'abord collectées, puis dirigées vers une fosse « toutes eaux », où elles subissent un pré-traitement les débarrassant des matières en suspension et des graisses avant d'être rejetées dans le sous-sol par épandage. Cette fosse toutes eaux retient 95 % des matières décantables : les plus légères en surface et les autres au fond sous forme de boues.
Leur volume est lentement digéré sous l'action de bactéries anaérobies (en l'absence d'oxygène) qui désagrègent partiellement les matières par fermentation. À ce stade, l'eau qui en résulte est encore chargée de matières polluantes solubles et présente un risque majeur de pollution des nappes souterraines.
Un second traitement est nécessaire. Le liquide est alors évacué par un trop-plein vers le réseau d'épandage souterrain, constitué d'un maillage de drains qui en achève l'épuration avant l'évacuation dans le milieu naturel. En effet, lorsque les caractéristiques du terrain le permettent (perméabilité suffisante), ce qui est le cas le plus fréquent, on utilise le sol naturel pour disperser et épurer sans aucun inconvénient pour celui-ci ; c'est l'ultime phase de l'assainissement.
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